Молекулярно-генетическая лаборатория объединенного патологоанатомического отделения

О лаборатории:

С 2016г. развитие направления молекулярно-биологических исследований в онкологической практике ГБУЗ НО «НОКОД» проходило на базе цитологической лаборатории,  в настоящее время молекулярно-генетическая лаборатория выделена в отдельное подразделение Объединенного патологоанатомического отделения, которое возглавила кандидат биологических наук Елена Александровна Колесникова.

Лаборатория является одним из участников всероссийского Проекта «Совершенствование системы молекулярно-генетической диагностики онкологических заболеваний в Российской Федерации”. В рамках проекта проводятся исследования генетических нарушений при раке легких (мутации гена EGFR) и раке яичников (мутации генов BRCA1, BRCA2).

Современные молекулярно-биологические методы исследования (ПЦР и ее модификации, секвенирование, NGS) позволяют выполнять генетические исследования, необходимые для уточнения диагноза, выявления наследственной предрасположенности и определения возможности проведения специализированного (таргетного) лечения у пациентов с онкологическими заболеваниями.

В настоящее время в лаборатории проводятся ПЦР — исследования, выявляющие активирующие мутации в генах EGFR, KRAS, BRAF, NRAS, что позволяет определить выбор современного таргетного и химиотерапевтического лечения у пациентов с немелкоклеточным раком легких, колоректальным раком, меланомой. Также в лаборатории проводится ПЦР — диагностика, позволяющая выявлять герминальные  мутации в генах BRCA1 и BRCA2, являющиеся причиной наследственного рака молочной железы и яичников. Кроме того, в повседневную работу лаборатории планируется внедрить тестирование генов PI3K, HER2, CHEK2, cKIT и PDGFRA методом ПЦР, а также перестройки гена АLK и ROS1 с использованием метода флюоресцентной гибридизации in situ – FISH.

Материалом для ПЦР-исследований является цельная кровь (BRCA1/2), плазма крови (EGFR), гистологические и цитологические препараты (блоки, стекла) (EGFR, BRCA1/2, KRAS, NRAS, BRAF), а также материал биопсий (EGFR, BRCA1/2, KRAS, NRAS, BRAF).

Материальная база молекулярно-генетической лаборатории оснащена современными амплификаторами  (Rotor Gene Q (QIAGEN), ДТ ПРАЙМ (ДНК-технология)) для проведения аллель-специфической ПЦР  в режиме реального времени.

За время работы лаборатории выполнено более 3000  ПЦР-исследований, из них более 1000 исследований по определению мутационного статуса гена EGFR, более 900 по определению мутационного статуса генов KRAS/NRAS, более 350 по определению мутационного статуса гена BRAF, более 400 по определению мутационного статуса генов BRCA1/2.

Средний срок выполнения анализа — 7-10 рабочих дней с момента поступления материала в лабораторию.

Изобретение ПЦР (полимеразной цепной реакции) в целом полностью изменило современную науку и медицину. Появилась возможность быстро и эффективно диагностировать наследственные заболевания и инфекции, и свободно манипулировать генами. Благодаря этому уникальному методу человечество оказалось на пороге эпохи генной терапии.

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — метод молекулярной биологии, позволяющий создать копии строго определенного фрагмента ДНК из исходного образца, повысив его содержание в пробе на несколько порядков.

Основа любой ПЦР — репликация ДНК (синтез молекулы ДНК), включающая расплетение двойной спирали ДНК, расхождение нитей ДНК и комплементарное достраивание обеих нитей ДНК. Для этого проводят 20–30 циклов реакции.

Каждый цикл ПЦР состоит из трех этапов:

1. Денатурация — разъединение цепей ДНК-матрицы путем разрушения водородных связей между азотистыми основаниями цепей ДНК в результате нагревания реакционной смеси от 93 до 95 °С (для работы полимеразы).
2. Отжиг праймеров — праймеры специфично присоединяются к освободившимся цепям ДНК-матрицы с разных сторон копируемого участка 3ˊ-концами друг к другу. Отжиг проводят при температуре от 50 до 65 °С.
3. Элонгация, или синтез ДНК — комплементарное достраивание цепей ДНК происходит от 5′-конца к 3′-концу цепи в противоположных направлениях, начиная с участков присоединения праймеров. Этот этап чаще проводят при температуре 72 °С — оптимальной для работы Taq-полимеразы. Каждая вновь синтезированная цепочка ДНК становится, наравне со старой, матрицей для синтеза в следующем цикле.

Результаты определения мутационного статуса онкогена KRAS при колоректальном раке у пациентов ГБУЗ НО «НОКОД»

Доминирующей мутацией в гене KRAS является мутация, детерминирующая замену глицина на аспарагиновную кислоту в 12 кодоне (44,1%), в 23,5% в 12 кодоне обнаружена замена глицина на валин, в 14,8% — в 13 кодоне замена глицина на аспарагиновную кислоту.

Выявление мутаций в генах BRCA1/BRCA2 при раке молочной железы (РМЖ) и раке яичника (РЯ) у пациентов ГБУЗ НО НОКОД

По результатам собственных исследований установлено, что мутантный тип гена BRCA1 у женщин Нижегородской области встречался в 5,5% случаях при наследственном раке яичника и в 12,5% при наследственном раке молочной железы.

Определено, что, как при раке молочной железы (58,4%), так и при раке яичников (60%) самым распространенным типом мутаций гена BRCA1 у пациенток ГБУЗ НО «НОКОД» была инсерция (вставка) цитозина в положении 5382. Второй по частоте встречаемости является точечная замена тимина (Т) на цитозин (С) в 300 позиции гена BRCA1, составив 25% случаев при РМЖ и 20% при РЯ. Другие герминальные мутации в гене BRCA1 у пациенток Нижегородской области встречались в единичных случаях.

Как к нам попасть:

Решение о проведении молекулярно-генетического исследования принимается врачом-онкологом/врачом-химиотерапевтом/врачебным консилиумом. Направление на консилиум выдается поликлиникой ГБУЗ НО «НОКОД» (ул. Деловая 11/1). Консилиумы проводятся ежедневно в 13:00 в Стационаре №1, 2, 3.

Контакты:

Заведующий лабораторией, к.б.н. Елена Александровна Колесникова,

тел. +7 (904) 794-87-34

е-mail:  labgen@nnood.ru